美里自然学校は、町内外の様々な団体と連携協同して活動を行っています。
【関連協力団体】
○ 美里町やすらぎ交流体験施設
○ 一般社団法人アイ・オー・イー
○(特活)美里NPOホールディングス
○ 美里フットパス協会
○ 熊本県立豊野少年自然の家
○ みさと土といのちの協同農園
○ 美里町林業研究グループ